בתוך ה"היכל", בארון הקודש, הוא המקום המקודש ביותר בבית-הכנסת, שוכן ספר התורה,
שהוא חפץ-הקדושה הנעלה ביותר בישראל.
ספר-התורה מכיל את חמשת חומשי תורת-משה, כתובים בכתב מיוחד על-גבי יריעות קלף המעובדות לשם ספר-תורה מעור בהמה כשרה. הוא משמש בעיקר לקריאת-התורה בימים המיועדים לכך.

בתום הכתיבה נתפרות היריעות זו לזו בגידים של בהמה טהורה, ומחברים את שני קצות המגילה, בתחילתה ובסופה, לשני גלילי עץ, הנקראים "עצי חיים". בעדות אשכנז מגוללים את ספר-התורה מימין ומשמאל על גבי "עצי החיים", ומהדקים אותו על-ידי קשירת אבנט מיוחד סביבו. אחר עוטפים את הספר ב"מעיל לספר תורה" נאה, עשוי משי או קטיפה, ועליו מעשה רקמה של סמלים יהודיים. בעדות המזרח נתון ספר התורה בתוך נרתיק מיוחד, עשוי כסף וזהב או עץ משובח, ועליו פיתוחים וגילופים.

נוהגים לפאר את ספר-התורה בקישוטים נאים של כסף טהור או מוזהב, עשויים מלאכת מחשבת. בעדות האשכנזים מתנוסס בראש שני "עצי החיים" כתר עשיר בפיתוחים נאים ומעוטר בפעמונים קטנים. כמו כן מקשטים את ספרי התורה ב"רימונים", שצורתם לפעמים כעין כדור עשוי פיתוחים אומנותיים, ולפעמים כעין "מגדל" מרובע או משושה, בעל חלונות מסביב ובכל חלון פעמון קטן. כמו כן תולין על חזית ספר התורה "טס" ו"יד" "אצבע" מגולפים ומחוטבים במלאכת-מחשבת. ה"טס", הנקרא גם "ציץ", הוא ריקוע כסף, לפעמים מוזהב ומשובץ אבני-חן, המשמש בדרך-כלל לציון יום חג או "שבת מיוחסת". ה"יד" עשויה מוט קצר, אשר בקצהו דמות יד עם אצבע מושטת, המשמשת כ"מחוה" להראות את הכתוב בעת הקריאה בתורה.

נוהגים בספר-תורה כבוד גדול וקדושה יתירה. אין מניחים על גביו דבר; אין נוגעים בקלף בידיים חשופות, אלא בכנף טלית; ואין משאירים אותו מגולה - בלי ה"מעיל" או בד מיוחד העוטף אותו - בזמן שאין קוראים בו.